Pierwsza historyczna wzmianka o istnieniu parafii pochodzi z roku 1490. Przypuszcza się jednak, że parafia mogła już istnieć w XIV wieku, a nawet XIII. Śmiłowo było królewszczyzną w starostwie ujskim. Kościół wyposażyli królowie.
Pierwotny kościół był drewniany, a od 1836 murowany w tzw. mur pruski. Obecny kościół został wybudowany w roku 1905, a konsekrowany 18 X 1953r.
Wymiary:
-długość 33m
-szerokość 13,5m
-wysokość 10,4m.
Kościół został zbudowany w stylu neogotyckim. Wewnątrz na uwagę zasługuje krzyżowo-żebrowe sklepienie w prezbiterium oraz gotycki wystrój: ołtarze, konfesjonały, stacje Drogi Krzyżowej. Można w nim podziwiać wspaniale elementy stylu gotyckiego takie jak: wieżyczki i wimpergi wieńczone żabkami i kwiatonami, konsole podtrzymujące figury świętych oraz rozety i liczne maswerki powtarzające się w całym wystroju kościoła. W prezbiterium znajdują się dwa cenne witraże ze scenami Narodzenia i Wniebowstąpienia.
Najstarszym zabytkiem liczącym 500 lat jest figura Św. Małgorzaty znajdująca się w głównym ołtarzu nad tabernakulum.
Na wieży kościoła znajdują się trzy dzwony: "Mikołaj" (250kg) z roku 1626, "Rafał" (269kg) i "Małgorzata" (153kg) z roku 1988.
W parafii oddaje się cześć Matce Bożej Szkaplerznej. Zachowało się tu Bractwo Szkaplerza Karmelitańskiego. Akt erekcyjny tego Bractwa pochodzi z 1675 roku. W poprzednim kościele w głównym ołtarzu znajdował się obraz Matki Bożej Szkaplerznej. W obecnym kościele w bocznym ołtarzu znajduje się figura Matki Bożej Szkaplerznej. W roku 2000 ze względu na kult NMP z Góry Karmel, abp Henryk Muszyński nadal parafii drugi tytuł Matki Bożej Szkaplerznej.
Na balustradzie chóru znajduje się 12 krzyży zdjętych ze szkól w stanie wojennym 6 I 1982 pod groźbą trzech lat aresztu.
W roku 2000 na wieży został umieszczony zegar z kurantami o napędzie atomowym, który został zmodyfikowany w sierpniu 2015 roku.
Do parafii należą wioski: Śmiłowo, Zelgniewo, Brodna i Jeziorki.
W 1982 roku Prymas Polski kardynał Józef Glemp erygował w Zelgniewie kaplicę pw. Świętego Rafala Archanioła.
Parafia liczy około 1680 wiernych.